瑶民多信奉神灵，定居的瑶族都建有庙宇，过山瑶由于迁徙不定，便立几块石头做为偶像，以方便他们的迁徙。瑶族的宗教活动有许多，如“度戒”、“还盘王愿”、祭祖、祭龙、祭山、祭树及“打齐”等等，均表达了他们感谢各种神灵保护、祈祷家人平安健康的良好愿望。不同地方，不同族系的集体祈祷方式各不相同。例如花蓝瑶每年阴历十月都要举行祭祀甘王的仪式，村里的男女老少围坐在一个空旷的大平地上，仪式由道公主持。这些活动旨在免除瘟疫的危害，确保群众身心安康。而茶山瑶最大的集体崇拜仪式应算是“还洪门愿”（也叫打香火醮）。此种仪式旨在为后辈消除野兽之害，祈求人畜平安，谷米丰收。在瑶族的习俗中，新生儿满月外出，身边常插上桃枝以祛邪气；小儿满岁，婆家习送项圈、麒麟、铜人、铜锁等物以保身体安康；小儿若患走魂（疳积症），瑶医除用针刺四缝穴治疗，佩戴药袋（内装六月雪、朱砂、白术、五指毛桃根等药），还祈祷一番，他们相信，这样才能使魂归肉身。

当人们对疾病的认识还很肤浅、不能完全解释自身出现的现象的时候，单纯依靠医药治疗并无把握。此时，对那些有神论的病人，采用医术与巫术相结合最为有效。经过巫师的念咒、祈祷，其战胜病魔的信心增强，精神状态好转，抗病力也自然而然的增强。虽说这是唯心主义的东西，但却不失为一种精神疗法。在精神治疗和药物治疗的双重作用下，有时确能起到事半功倍的效果。原始的人们缺乏对自然界的深刻了解，他们想象冥冥之中有一种神奇力量主宰着自己的命运，并时常寻求这种力量的保护和帮助。瑶族人们也常常把疾病认为是神灵对患者的惩罚，故而采取各种措施以示忏悔，求得宽恕，从而摆脱病痛的折磨也成为自然之举。巫之治病较多使用信仰疗法，即通过祷告或其他能够取得神灵保佑的措施，以治疗疾病的方法。瑶医运用“语言”这一工具，对患者进行精神上的支持，解除患者的思想顾虑，鼓舞他们战胜病魔的信心和决心。在瑶族的宗教领域里，迷信与科学并肩携手，有些有神论者信仰宗教，对神表现出极度的信服与虔诚，其精神寄托于此。我们知道，人的精神能够影响机体的各方面机能，这其中也包括抵抗疾病的能力。当巫医给他（她）念咒施法后，自己相信确已从神祗那里获得了福佑和愈病的力量，而且病邪魔怪已被驱离体外，这样人体的积极因素调动起来，消极心理得以克服，再结合医药的治疗，自然而然增加了战胜病痛的胜算。

瑶族是古老而神秘的民族， 医与易的结合又是瑶医药的一大特点。瑶族同胞在长期观察和实践中，逐渐认识到人体盈亏，有如八卦之化生，并结合易理，朴素地阐述瑶医盈亏平衡的理论。其卦象中，阳爻为盈，阴爻为亏，阳爻增多为盈之增多，阴爻增多为亏之增多。如：乾（4月）、姤（5月）、遯（6月）、丕（7月）、观（8月）、剥（9月）、坤（10月）、复（11月）、临（12月）、泰（1月）、大壮（2月）、夬（3月）。乾为盈，坤为亏，盈亏平衡则否泰安康，身体强健而无病。如盈亏不平衡，盈多亏少，或盈少亏多，均可导致人体失调而患病。故盈多亏少，则需调补亏之不足，抑盈之有余；盈少亏多，则需调补盈之少，而抑亏之余，最终目的是要保持机体处于盈亏平衡的状态。1月至6月为盈有余而亏不足之时，万物生发，处处一派繁荣生机，此阶段需补“亏”之不足，抑“盈”之有余。7月至12月为盈之不足，亏之有余，万物开始逐渐收藏消萧，此时人体之“盈”往往不足，而“亏”常常有余，调理上应顺时变化，补盈之不足，抑亏之有余。